Okulumuz 1989 yılında Kavutçu Ortaokulu adıyla eğitim öğretime başlamıştır.

Beldemizdeki diğer okul 1.kademe eğitim-öğretim yaparken okulumuz ortaokul olarak hizmete girmiş ve 2. Kademe eğitim-öğretim yapmaya başlamıştır.1994-1995 eğitim öğretim yılında beldemizin adı Karlısu olarak değişince okulumuzun adı da  Karlısu Ortaokulu olarak değişmiştir.1996/1997 eğitim öğretim yılından itibaren 8 yıllık kesintisiz eğitime geçilmesiyle okulumuz Karlısu İlköğretim Okulu adını almış ve birinci kademeye de hizmet vermeye başlamıştır. 2013-2014 Eğitim Öğretim yılından itibaren Karlısu Ortaokulu olarak hizmet vermeye başlamıştır.